בעת חיטוי רכיבי הנשמה יש לפרק ולנקות אותם עם חומר חיטוי המכיל כלור.רכיבים עמידים בחום ולחץ הם הטובים ביותר בחיטוי.
עבור חלקים שאינם עמידים בחום או עמידים בלחץ, ניתן להשתמש בשיטות חלופיות, כגון עיקור פלזמה מי חמצן או השרייה בתמיסת גלוטראלדהיד ניטראלית 2% למשך 10 שעות.
יש להחליף צינורות ושקיות במכונת הנשמה כל 48 שעות.אם הצטברות הלחות חמורה, מומלץ להחליף בתדירות גבוהה יותר.
יש לנקות ולחטא נבולייזרים מדי יום בלחץ קיטור.ניתן להשתמש במכשירי אדים חד פעמיים בתוך המתקן, אם זמינים.
בנוסף, חיבור מכונת הנשמה ל-מעקר מעגל נשימה בהרדמהמאפשר ניקוי וחיטוי של הצינור הפנימי.בנוסף, הנחת מסיכת הנשימה בתא העיקור של מעקר המחזור יכולה להבטיח חיטוי יסודי.
עיקור רכיבי ההנשמה הוא אפשרות מועילה למניעת זיהום צולב ולהגן על רופאים ומטופלים כאחד.על ידי הקפדה על פרוטוקולי חיטוי אלו, סביבה היגיינית ביחידה הרפואית תפחית את הסיכון לזיהום.
